O Código de Processo Penal Militar foi constituído mais de duas décadas depois do Código de Processo Penal. Possui assim estrutura e sistematização superior e alguns institutos mais modernos. Esta obra divide-se em cinco Livros. No primeiro, cuida da aplicação da lei processual penal militar. No segundo, ingressam os processos em espécie. No terceiro, nulidades e recursos. No quarto, cuida da execução penal e, por fim, no quinto, trata da justiça militar em tempo de guerra. Traça um paralelo, sempre que adequado, entre a legislação processual penal militar e a processual penal comum, além de promover o estudo e a aplicação dos relevantes princípios constitucionais processuais penais, com a inserção de jurisprudência atual do Superior Tribunal Militar. Em todas as suas obras, Guilherme de Souza Nucci busca incessantemente o ideal de inovação. A cada trabalho, procura aprimorar os estudos das ciências criminais, acompanhando sua evolução e progresso, com sólido conteúdo acadêmico, que resultou numa produção jurídico-literária que ultrapassa 40 títulos.