Em 1230, a Ordem dos Franciscanos dissimulou os estigmas da pele de São Francisco de Assis e escondeu o lugar exato de sua tumba, que só seria descoberta 600 anos depois. Pouco antes de morrer, frei Leo, um grande companheiro de São Francisco, escreve uma carta de despedida para seu amigo Conrad e esconde nos ornamentos do pergaminho uma mensagem cifrada de acontecimentos misteriosos da vida do santo. Preocupado com as possíveis implicações políticas e religiosas da carta, Conrad abandona seu isolamento nas montanhas e atravessa a Itália para encontrar explicações. Ao buscar respostas, ele descobre uma armação de altos membros do clero para proteger um segredo que poderia destruir a Ordem e abalar os alicerces da Igreja Católica, colocando em risco sua vida, seus votos e sua própria fé.