Depois de finalmente escapar de Furnace e matar o diretor Cross, Alex parte para sua maior missão: encontrar e destruir Alfredo Furnace. E o garoto não descansará enquanto não cumpri-la. Porém, após quase ser aniquilado na Torre de Furnace, Alex é levado a um hospital militar, e, no lugar onde deveria ser curado, um novo pesadelo tem início. Sob as ordens da coronel Panettierre, um grupo de cientistas usa Alex para tentar descobrir a verdade por trás do néctar, ou seja, entender as mutações causadas por ele. E não é apenas a vida de Alex que corre perigo nas mãos dessa mulher obcecada pelo poder: Zê também está prestes a virar um experimento. Panettierre quer descobrir por que o garoto é imune aos poderosos efeitos do néctar, usando a desculpa de que ele pode ser a cura para todos os outros garotos transformados. Para fugir das garras de Panettierre e encontrar Alfredo Furnace, que continua a se comunicar com ele através de seus pensamentos, Alex contará com a ajuda de seus inseparáveis amigos, e de seres que foram seus maiores inimigos dentro da Penitenciária de Furnace: ternos-pretos e vikings. Mas qual o segredo por trás dessa nova aliança? Por que o estão ajudando em vez de matá-lo? Por que Alfredo Furnace quer que Alex continue vivo e o encontre cara a cara?